La solución neutra de lipopolisacáridos se puede almacenar a temperatura ambiente durante varios meses y su actividad biológica no cambia significativamente. Si se almacena a 4 ℃ o en un refrigerador a baja temperatura, su actividad biológica puede permanecer sin cambios durante varios años o décadas. El polvo neutro de lipopolisacárido seco se puede almacenar a temperatura ambiente o en el refrigerador durante décadas o más sin perder su actividad biológica.

Cuando el lipopolisacárido se coloca en una solución ácida a temperatura ambiente, sus moléculas sufren una degradación parcial. Este cambio implica principalmente la escisión de los enlaces glucosídicos entre el polisacárido y el lípido A, y la escisión de los enlaces lípido A1-glucósido. El calentamiento puede promover esta reacción. Una solución de ácido fuerte puede destruir completamente el lipopolisacárido en condiciones de calentamiento.

Los factores alcalinos tienen una gran influencia sobre las moléculas de lipopolisacáridos, principalmente sobre las moléculas de lípido A. En este momento, el enlace del éster 4-fosfato en el esqueleto del lípido A y el enlace del éster de ácido graso en las posiciones 3 y 3 son fáciles de destruir, lo que puede causar que la molécula se divida. En este momento, las moléculas degradadas pierden su actividad típica de endotoxina. Los lipopolisacáridos se pueden destruir por completo en condiciones de álcali fuerte.